Iki 2000 m. rugsėjo mėn. bausmių vykdymas buvo Vidaus reikalų ministerijos kompetencijoje (Pataisos reikalų departamento), todėl bausmes, nesusijusias su laisvės atėmimu, vykdė Vidaus reikalų ministerijai priklausanti institucija – policija. Policija tuomet teismo nuosprendžiu paskirtas bausmes vykdė ir buvo laikoma jėgos struktūra, todėl sąlyginai pagrindinis dėmesys buvo skiriamas kontrolei. Tačiau tai neatitiko tarptautinių aktų keliamų reikalavimų.

1955 m. Ženevoje Jungtinių Tautų Organizacijos (toliau – JTO) priimtų tipinių minimalių elgesio su kaliniais taisyklių 60.2 punkte yra įtvirtinta, kad nuteistųjų priežiūra neturi būti patikėta policijai ir turi būti derinama su veiksminga socialine parama. Įgyvendinant šią nuostatą bei Europos Tarybos rekomendacijas, buvo pradėta reformuoti Lietuvos Respublikos teisinė sistema, ir 2000 m. rugsėjo 1 d. visų bausmių vykdymas buvo perduotas iš Vidaus reikalų Teisingumo ministerijos valdymui, o Pataisos reikalų departamentas prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos reorganizuotas į Kalėjimų departamentą prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos. Tuo pačiu metu ir bausmių, nesusijusių su laisvės atėmimu, vykdymas buvo perduotas iš policijos Teisingumo ministro 2000 m. įsakymu Nr. 178 įsteigtoms 52 miestų ir rajonų pataisos inspekcijoms. Siekiant pagerinti pataisos inspekcijų veiklos koordinavimą, aprūpinimą, užtikrinti joms pavestų uždavinių įgyvendinimą, 2001 m. pabaigoje pradėta vykdyti pataisos inspekcijų struktūrinė reforma. Teisingumo ministro 2001 m. gruodžio 29 d. įsakymu Nr. 275 buvo įkurtos Kauno, Klaipėdos, Panevėžio, Šiaulių ir Vilniaus regionų pataisos inspekcijos, kurių pagrindinis uždavinys – būti tarpininkais tarp teritorinių pataisos inspekcijų ir Kalėjimo departamento. Kiekvienai regiono pataisos inspekcijai buvo suteiktas viešojo juridinio asmens statusas.

Šiai institucijai 2002-09-05 – 2011-02-28 vadovavo Ramūnas Zutkis. Teisingumo ministro įsakymu nuo 2011 m. kovo 1 d. Kalėjimų departamento prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos Šiaulių regiono pataisos inspekcijos vadovo funkcijos laikinai pavestos direktoriaus pavaduotojui Regimantui Mikaliūnui.